Crysis beinhaltet neben den üblichen Modi CTF, DM und TDM auch einen neuen Spielmodus. Er funktioniert wie folgt:
Anfangs spawnen beide Teams in deren Basen, wo sie per Menü Waffen und Equipment kaufen. Das ist nicht umsonst und kostet sogenannte Prestige Punkte. Diese erhält man für Kills und Einnahmen bestimmter Manufakturen. Sobald alle bereit sind, bekommt man die Aufgabe. Sie ist von der jeweiligen Karte abhängig und kann z.B. die Einnahme einer Fabrik sein. Nachdem man diese gefunden hat, stößt man erst einmal auf Widerstand der Gegner. Sind die Feinde besiegt, kann man in der Fabrik Fahrzeuge kaufen. Die War-Factory beispielsweise produziert Panzer, Anti-Air-Units und APCs. Die Bedingung für einen Sieg hängt von der Servereinstellung ab. Es gibt 3 Einstellungsmöglichkeiten: Time-Based, Score Based und Annihilation. In Annihilation muss ein Team das HQ des anderen zerstören um den Sieg zu erlangen. Hierfür stehen 2 Waffen zur Verfügung, entweder die "taktische Bombe" oder eine Alien Waffe. Die Alien Waffe muss aus Teilen zusammengebaut werden, die in abgestürzten Alien Raumschiffen zu finden sind. Auch andere Alien Waffen kann man aus den Wracks bergen. Anders als in Battlefield gibt es keine vordefinierten Klassen. Diese kann man selbst konfigurieren. Medikits gibt es dank des Nanosuits nicht.